Concevoir une pépinière de croisement

En bref

Ce tutoriel décrit comment concevoir une pépinière et développer des croisements.

Détails sur la pépinière

Lancez Manage Studies (Etudes) à partir de la rubrique STUDIES.

Sélectionnez Start a New Study (Créer une nouvelle étude).

Open

Entrez les renseignements de base de la pépinière.

Nom de l’étude : 2021 + [vos initiales] + PC

Description : Pépinière de croisement 2021 [vos initiales]

Study type : Nursery

Objectif : récolter semences F1 pour pépinière F1

Date de création : par défaut

Date de réalisation : vide

Au besoin, utiliser une étude déjà créée comme modèle. Ne pas utiliser une étude déjà créée comme modèle.

Cliquez sur Save (Enregistrer).

Open

C'est possible d'organiser les études en cliquant sur le dossier vert, à droite de la fenêtre, pour créer un nouveau dossier, le bleu pour modifier le nom d'un dossier et orange pour supprimer.

Sélectionnez l’icône + et nommez le dossier « 2021 vos initiales Etudes». Activez la case à cocher, puis cliquez sur Select (Sélectionner).

Une fois le dossier enregistré, la page s’actualise avec les renseignements de base.

Sélectionner des paramètres

Modifiez les paramètres de la pépinière en cliquant sur le bouton Add (Ajouter) et en sélectionnant les options à partir de l’ontologie.

Détails de gestion

Les détails de gestion sont des variables décrivant la gestion globale de l’étude.

Cliquez sur le bouton Add (Ajouter). Cherchez « Person » et sélectionnez PI_NAME.

Choisissez le nom de PI (Principal Investigator) du menu déroulant.

Germoplasme et témoins

Ouvrez l’onglet Germplasm and Checks (Germoplasme et témoins). Cherchez une liste en cliquant sur Browse.

Mettez en surbrillance une liste de parents, par example la liste Parental Germplasm 2018 (Germoplasmes parents 2018) de 50 entrées, puis cliquez sur Select (Sélectionner).

Milieux

Ouvrez l’onglet Environments (Milieux). Précisez le milieu de la pépinière.

Sélectionnez le bon LOCATION_NAME (nom de localité ou l’emplacement) du menu déroulant.

Si des droits vous ont été accordés, vous pouvez définir de nouveaux emplacements en cliquant sur Manage Locations (Gérer les emplacements).

Plan expérimental

Sélectionnez Entry list order (Séquence des entrées dans la liste).

Comme il s’agit d’une pépinière de croisement, le plan expérimental n'a pas de répétition ni de randomisation.

Exporter un modèle de croisement

Dans l’outil Crossing Options (Options de croisement) du menu Actions, sélectionnez Export Crossing Template (Exporter modèle de croisement).

Ouvrez Crossing Template (Modèle de croisement). La fiche d’observation comporte deux colonnes à remplir : FEMALE_PLOT (parcelle femelle) et MALE_PLOT (parcelle mâle). Les autres détails sont facultatifs. Pour en savoir plus, consultez Manual : Crossing Template (Manuel : modèle de croisement).

Enregistrer les croisements

Avec la liste de parents de croisement établie précédemment, nous pourrions faire 25 croisements.

La quatrième feuille du modèle contient les détails sur les entrées et les numéros de parcelles. Dans la colonne FEMALE PLOT, saisissez les numéros de 1 à 25. Dans la colonne MALE PLOT, saisissez les

numéros de 26 à 50. Enregistrez ces modifications.

Importer des croisements

Dans l’outil Crossing Options (Options de croisement) du menu Actions, sélectionnez Import Crosses (Importer les croisements).

Localisez l’enregistrement des croisements (format .xls), puis téléversez-le. Cliquez sur Continue (Continuer).

Précisez la méthode de sélection. Sélectionnez Use the parental status (Utiliser le statut parentale) pour choisir la méthode de création par Single cross (croisement simple) par défaut.

Cliquez sur Continue (Continuer).

Sélectionnez Use automatic name generation (Utiliser la génération de noms automatique), précisez la date et l’emplacement de la récolte. Cliquez sur Continue (Continuer).

Vérifiez les croisements en attente, puis cliquez sur Finish (Terminer).

Produire une liste de germoplasmes F1

Donnez un nom à la liste de germoplasmes F1 et ajoutez une description. Cliquez sur Save (Enregistrer), et enregistrer en tant que page enfant du dossier 2021 [vos initiales].

Récolter des semences F1

La liste de germoplasmes F1 représente la descendance attendue de cette pépinière, sans tenir compte des détails sur la récolte actuelle. Les croisements non réussis conduisent à un germoplasme F1 avec récolte nulle.

Dans l’onglet Crosses and Selections (Croisements et Sélections), cochez Select all pages (Sélectionner toutes les pages).

Cliquez sur le menu Actions puis Create (créer) lots pour enregistrer la quantité récoltée.

Sur le formulaire de création de lots, entrez un préfixe d'ID de stock qui indique le « propriétaire » des graines, ou le « projet » auquel elles appartiennent, ou même « la boîte de stockage » où elles seront stockées. Précisez vos initiales. « CH » dans mon cas.

Choisissez un emplacement pour l’entreposage des semences et « SEED_AMOUNT_g » comme unité de mesure du poids. Saisissez « 500 » comme quantité, puis cliquez sur Save (Enregistrer). Cochez Confirm transactions on saving (Confirmer les transactions lors de l'enregistrement).

Quittez le formulaire de création de lots en cliquant sur le X en haut à droite.

Revoir les détails du germoplasme

Les 25 entrées de germoplasmes F1 affichent maintenant une quantité de 500 g.

Sélectionnez une entrée pour revoir les détails du germoplasme.

Il n’est sûrement pas réaliste que vous récoltiez la même quantité de semences pour chaque croisement.

Pour enregistrer des quantités différentes, vous pouvez exporter la liste des stocks (.xls) et saisir des valeurs distinctes pour chaque entrée par l’outil Manage Inventory (si vous avez les droits d’acces).

Prenez note que la bonne méthode de sélection, soit le croisement simple, a été appliquée lors de la création de ce germoplasme.

Sélectionnez View Pedigree Graph (Voir le graphique généalogique) à partir de l’arbre généalogique.

Le graphique généalogique montre que IB50 provient d’un croisement entre BMS25 (parent femelle) et BMS50 (parent mâle), par exemple.